ক্রিপ্টোকারেন্সি ব্যবসায় সবচেয়ে বড় ঝুকি হলো হ্যাকিং। অব্যবস্থাপনার কারনে বহু ক্রিপ্টো কারেন্সি কোম্পানিও তাদের বিপুল অর্থ হারিয়েছে। কারণ, হ্যাকরদের হাত থেকে ওয়েবসাইট রক্ষা করতে তেমন কোন নিরাপত্তা গ্রহন করে না। বিশ্বের সবচাইতে বড়ো বিটকয়েন এক্সেঞ্জ Bit stamp টকিও ভিত্তিক Coin Check এবং Mt Gox, Bit Finex, Ethereum Classic সহ অনেক ক্রিপ্টো কোম্পানি হ্যাকিং এর স্বীকার হয়েছে। যার ফলে, এইসব কোম্পানীর গ্রাহকরা বিশাল লস গ্রহন করেছে।